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- 作为专业仪器，气相色谱质谱联用仪在医院、政府部门、化工企业、食品工业的应用是格外广泛的，用于不同物质的检测与研究。
食品工业领域，气相色谱质谱联用仪主要是应用于农药残留分析。正是由于人们对食品安全的关注度越来越广泛了，食品工业部门对于产品生产要求近乎严苛，在原材料采购前，对各大供应商供应的样品进行农药残留实验，剔除不符合农药残留标准的供应商；在食品生产中不断的进行抽样检测，确保各种类型原材料混合后农药残留不易超标；在产品销售过程中，一旦遇到投诉，及时抽取样品进行实验，及时发现问题产品，及时下架，避免带来更大的损失。
环境分析领域，采用气相色谱质谱联用仪来检测亚硝酸、半挥发性有机物、挥发性有机物等，及时发现环境问题，应急处理，避免造成大面积的危害。比如亚硝胺是一类具有强烈毒性的致癌物质，会引起人体鼻癌、气管癌、肺癌、食道癌、口腔癌等等疾病的发生，定期对饮用水进行定量、定性检查，发现问题，及时启动应急预案，避免对人体带来较大伤害。
药物分析领域，药物产品包装材料本身可能会产生就具有潜在毒性的化学物质，一旦被人体大量涉入，本身用于治疗疾病的药物，将可能会对人体带来巨大的伤害，对包装材料进行研究是有至关重要的意义的。
另外，在工业分析领域、司法分析领域等气相色谱质谱联用仪的应用也是格外广泛的， 可靠的仪器与分析系统的合理配合，才能够让应用效果凸显出来。等离子体质谱仪的应用也是如此，精密的仪器需要与可靠的分析系统配合应用。
